Отличие подхода биостимуляции in vitro от биостимуляции in situ в том, что биостимуляция образцов естественной микрофлоры загрязненной почвы и воды проводится сначала в лабораторных или промышленных условиях (в биореакторах или ферментерах). При этом в биореакторе обеспечивается преимущественный и избирательный рост тех микроорганизмов, которые способны наиболее эффективно утилизировать данный загрязнитель.